L'Università di Ferrara si adeguava così a quanto stava avvenendo in molte Università e Accademie d'Europa. Tra la fine del seicento e l'inizio del settecento, infatti, sull'impulso delle nuove idee e scoperte di Galileo Galileo (1564 - 1642), Isaac Newton (1642 - 1727) e tanti altri, apparvero in Europa strumenti che erano costruiti per "interrogar la Natura", cioè strumenti per riprodurre i fenomeni naturali in laboratorio secondo la nuova Scienza, la Fisica Sperimentale. Fu una vera rivoluzione che influenzerà anche tutte le altre scienze fino ai giorni nostri.

Gli strumenti più "moderni" della Collezione riguardano il periodo che va dagli ultimi decenni dell'Ottocento alla prima metà del Novecento, periodo che vide il passaggio dalla Fisica Classica alla Fisica Quantistica, l'avvento delle comunicazioni a distanza senza fili e un progresso in tutte le scienze dalla Fisica alla Chimica, alla Botanica, alla Medicina, impensabile solo pochi anni prima. Di questo periodo sono presenti nella Collezione strumenti firmati da prestigiosi costruttori e ditte italiane, francesi, inglesi, come Giovanni Battista Amici (1786-1863), Louis Jules Duboscq (1817-1886), ditta Golaz-Paris (attiva tra il 1830 ed il 1919), Tecnomasio Italiano (attiva tra il 1863 ed il 2001). Sugli strumenti appaiono anche le firme di valenti artigiani che hanno lavorato per la Città e l'Università di Ferrara. Tra questi ultimi ricordiamo Torquato Tasso (1765-1842), orologiaio e meccanico, Sebastiano Zavaglia (1824-1876) che costruì nel 1855 il Tellurio - strumento divenuto poi l'icona della Collezione - ed i "Fratelli Duo", costruttori ferraresi di inizio Novecento.